Dans les années 1970 et 1980, la question de savoir quel système du brevet ou du droit d'auteur ou du système sui generis, devait assurer la protection de programmes d'ordinateur a été sujet des débats étendus. Ces débats ont conduit au principe généralement accepté que les programmes d'ordinateur doivent être protégés par le droit d'auteur tandis que les appareils qui utilisent les programmes d'ordinateur ou les inventions liées aux programmes d'ordinateur doivent être protégées par le brevet.
Le droit des brevets et le droit d'auteur offrent différentes sortes de protection. La protection par le droit d'auteur s'étend aux expressions, et non aux idées, procédures, méthodes de fonctionnement ou concepts mathématiques, tandis que le brevet confère un droit exclusif sur une invention, qui est un produit ou un procédé offrant une nouvelle manière de faire quelque chose ou apportant une nouvelle solution technique à un problème. Selon la Convention de Berne pour la protection des oeuvres littéraires et artistiques, la protection est automatique, en ce sens qu'elle ne requiert pour son existence aucune procédure de dépôt ou d'enregistrement. L'auteur d'une oeuvre originale est protégé dès la création de son oeuvre, sans formalité, dans les États parties à la Convention. Un brevet est délivré en général après l'achèvement d'une procédure d'examen par une agence de gouvernement.
La protection des programmes d'ordinateur par le droit d'auteur est solidement établie dans la plupart des pays et est harmonisée par les traités internationaux à cet effet. La loi relative aux critères de brevetabilité d'un programme d'ordinateur n'est pas encore harmonisée sur le plan international, mais certain pays ont clarifié que les programme d'ordinateur sont brevetables. D'autres pays ont adopté des approches qui reconnaissent les inventions assistées par des programmes d'ordinateur.